O Ministério Público Federal (MPF) está acompanhando as operações policiais nas terras indígenas em Rondônia. Representantes do MPF estiveram nas duas operações realizadas na terra indígena Karipuna, após decisão da Justiça em uma ação civil pública proposta pelo MPF. O órgão também acompanha a operação policial na terra indígena Uru Eu Wau Wau, que ocorreu também após decisão judicial em uma ação civil pública do MPF.
A procuradora da República Gisele Bleggi explica que “o MPF ficou designado pela Justiça para acompanhar o cumprimento da decisão judicial, bem como fiscalizar o plano de ação nestas terras indígenas”. Na avaliação da procuradora, a presença do Estado afasta os invasores.