A contestação judicial contra a diretriz foi iniciada pelo Partido Novo e pelo Instituto Brasileiro de Direito e Religião. As entidades solicitam a invalidação de partes da resolução, argumentando que ela infringe a liberdade religiosa e a autonomia de expressão dos psicólogos.

A questão chegou ao STF por determinação do presidente da Corte, ministro Edson Fachin, que direcionou o processo para ser avaliado pelo plenário. Anteriormente, o relator, ministro Alexandre de Moraes, já havia se posicionado a favor da manutenção da resolução, defendendo que ela não fere a liberdade de crença e visa assegurar a neutralidade religiosa do Estado e a segurança dos indivíduos assistidos. Contudo, a data para a conclusão deste julgamento permanece indefinida